在防治小麦赤霉病时，选择农药要注意科学性，不要过于盲目的选择药剂，忽略药剂抗性及作用机理互补的问题。国家相关部门公布的防治麦类及小麦赤霉病登记的药剂共248个（截止2013年3月）。其中登记数量较多的为多菌灵（97个登记证）、甲基硫菌灵（50个登记证）、多。酮（35个登记证）、福美双（21个登记证），占到了总登记证数量的81.85%，登记防治药剂涉及到14种成分，分别为：多菌灵、甲基硫菌灵、低聚糖素、三唑酮、硫磺、福美双、己唑醇、井冈霉素、咪鲜胺、烯肟菌酯、烯唑醇、戊唑醇、蜡芽菌、氟环唑。
但是在近几年来，农户普遍反映多菌灵不灵了，其他小麦赤霉病药剂也不好了，不能排除部分药剂质量存在问题，还应考虑抗性菌株的关系，同时还与农户用药过程中不注意将不同作用机理的药剂混配使用有密切关系。
喷施多菌灵等苯并咪唑类杀菌剂是我国自20世纪70年中期以来防治小麦赤霉病的关键措施之一。有资料报道，自1992年周明国（南京农业大学学报文）在浙江海宁发现世界首例禾谷镰孢菌抗药性菌株以来，在浙、苏、沪、鄂等地进行了连年抗药性检测试，发现抗药性病原菌群体比例迅速上升，在浙江等地已经成为致病优势小种，同时抗病性病原菌分布范围不断扩大，已从初的浙江蔓延到上海和江苏大部分地区。时隔二十年时间，苯并咪唑类杀菌剂抗性问题已经引起行业内人士的高度关注，在出现某些药剂防效减低的区域，建议积极关注新品种，如戊唑醇。咪鲜胺混剂（赞米尔）、氰烯菌酯（劲护）等。同时，要注意不同作用机理药剂的正确混用，确保所使用药剂具备内吸、保护铲除的多重功效，全面阻止病害蔓延。