目前，我国农民合作社的数量已经达到150多万家，发展的规模和数量已经达到了一个很高的水平。但合作社在发展中存在着很多问题，比如空壳合作社很多，真正起到带领农户进入市场作用的合作社比较少，被少数人控制的合作社很多，真正体现民主管理要求的合作社很少。这些都是我们合作社发展过程中出现的问题，特别值得我们关注和探讨。
那么合作社出现这些问题的原因有哪些呢？
一：合作社法的规定不太符合中国各地农业发展的实际情况
2007年开始实施的《中华人民共和国农民专业合作社法》规定了专业化合作社的运行要求，为重要的就是合作社可分配盈余的六十以上要按照交易额（量）返还给社员。这样的局限性包括首先没有考虑到其他类合作社的发展和存在实际，比如土地股份合作社，土地托管合作社等土地由合作社统一经营的实体类合作社，由于不存在所谓的交易量，也就没有六十按交易量返还的现实基础。另外就是合作社想要真正带动农户，必须要有大量的资本投入运营，而农民一般由不愿意出资，只有少数几个大股东掏钱，结果他们只能拿到可分配盈余的40%，造成了他们积极性不高，要么把利润转移到公司手里，要么就做假账，结果就是不规范。
二：是我国农民缺乏合作的意识
由于我国一直以来都是小农经济占主导地位的农业格局，农户土地面积小，且都有自主的经营权，在漫长的历史上形成了自我依赖自我做主的思维模式和习惯，再加上经常受到地主的剥削和压榨，封建皇权的强权掠夺，一直以来农民都是弱势群体，造成了对外界不信任的态度。所以想要让农民形成合作是困难的，特别是形成真正意义上的合作，所谓收益共享，风险共担，就更是难上加难。
三：缺乏对合作社核心社员的激励和保护
任何经济组织的发展，都要有合理有效的管理机制，特别是要维护好组织核心团队的利益，激励他们为组织的发展尽心尽力，并从组织的发展中获得收益。但是目前合作社法对合作社发起人并没有特殊的保护和激励规定，发起人与其他后来的社员都享有同样的权利和义务，造成合作社发展缺乏原始的动力，留不住人才，甚至自己辛苦经营的成果被其他社员通过选举窃取走。这严重制约了合作社的发展壮大。
四：地方政府扶持不到位
无论是合作社法还是国家的政策，都要求地方政府要加大对合作社的扶持和指导。合作社作为一种半公益性组织，本身就带有一定的社团性，也就带有一定的社会性。合作社的发展涉及到千家万户的切身利益，理应受到政府的扶持、指导和监督。但是现实中很多地方政府的主管部门的扶持不到位，更缺少相应的指导和监督。使合作社的发展难以规范运行，更难以发展壮大。
五：缺乏发展资金
合作社不同于公司，其自身独特的组织特性决定了银行贷款困难重重，让农民出资入股又是杯水车薪，让有钱人投资也缺乏有利的激励，就剩下政府补助了。政府补助是非常重要，但其能否限度的发挥效能，起到至关重要的作用还有待观察。现实中很多政府补助并没有帮助合作社实现应有的发展飞跃，反而是效果大打折扣，被很多人侵吞和独占。