为有效发挥财政补助资金的作用，促进农民合作社规范健康发展，阿勒泰地区坚持以资金管理为主线，实行公开申报、评审、公示、资金集中支付、绩效评价等工作机制，切实加强补贴资金管理，力促农民专业合作社健康发展。
一是明确工作责任。明确财政、工商、乡镇政府等部门的管理职责，要求有关单位认真审核农民专业合作社的合法性、真实性，促进专业合作社合法设立、规范运作，谨防借用农民专业合作社名义套取国家财政直接补助资金的现象。
二是严格项目审核。为防止出现虚报项目、套取资金，要求合作社在申报项目时提交第三方中介机构编制项目可行性研究报告的办法，提高合作社项目申报门槛，加大项目申报成本，将无生产发展计划、以虚报套取项目资金为目的的合作社在申报环节就予以剔除。
三是接受社会监督。推行和完善报账制、公示公告制、专家评审制等管理方式，加大行业主管部门信息公开力度，将项目资金申报情况在有关网站上公示，并公布各级监督举报电话，增强项目资金申请的透明度。
四是规范拨付程序。严格执行《中央财政农民专业合作组织发展资金管理办法》，对经公示无异议的项目，实行财政国库集中支付，将资金逐级拨付至有关县（市）财政部门，再由县（市）财政部门拨付到合作社。县（市）主管部门要配合财政部门抓好合作社补贴资金的监管。
五是加强绩效管理。农民专业合作建立和完善财务管理制度，规范资金的专业化管理，社配备财务会计，设置会计账簿；不具备条件的，委托农村经济经营管理机构或者具有相应资质的会计服务机构代理记账、核算或者聘任兼职会计。有关部门及时对项目组织验收，总结项目实施、资金使用和产生的效益，合理运用绩效评价结果。