“十二五”期间，我省农业生产经营体制创新迈大步，农民专业合作社快速发展，成为各新型经营主体的关键力量和现代农业发展的主力军。2014年底，全省农民专业合作社达2.48万家，成员总数67.22万人，与2010年相比年均分别同比增长37.7%和33.4%。同时，合作社发展质量逐年提高，统一组织销售农产品总值达168.39亿元，可分配盈余达18.93亿元，分别是2010年的2.48倍和4.76倍。
随着农民专业合作社发展壮大，其在农业增效、农民增收中的作用不断显现。
首先，促进土地经营权流转和农业规模经营。目前，全省流转承包地419.87万亩中，流向农民合作社占14.5%，是所有新型农业经营主体中流转耕地多的。
其次，壮大特色优势农产品。通过专业合作社纽带，以“龙头企业+合作社+农户”模式，形成比较完整的产业链。目前，全省有创办加工实体的合作社达625个。
第三，提高农业效益促进农民增收。农民专业合作社采取统一品种、统一购买农业生产投入品、统一技术标准、统一品牌、统一销售等方式。目前，80%以上投入品实行统一购买的合作社达4106个，80%以上农产品实行统一销售的合作社达9311个，实施标准化生产的合作社达2245个。这种经营方式有利于农业“五新”推广，提高了农业效益。2014年全省农民合作社实现经营收入115.19亿元，每个合作社和每个社员平均实现经营收入达46.55万元和1.72万元，同时还带动非成员农户82.77万户。
在各类新型经营主体中，农民专业合作社一马当先，得益于多方合力。
近年来，我省陆续出台《福建省“十二五”农民专业合作组织发展专项规划》等政策措施，明确了在财政专项资金、项目承担、税收优惠和用地用电等方面给予合作社大力支持，为合作社发展创造良好的政策环境。
同时，大力推进农民合作社规范化和示范社建设，指导合作社健全规章制度，完善运行机制，规范利益分配，增强服务功能。目前省级示范社已达500家，其中示范社123家。