农民专业合作社是现代农村经济的重要组织模式，也是推进新农村建设、构建农村和谐社会的切入点。伴随农民专业合作社的迅猛发展，农民专业合作社在经济交往过程中产生相关的诉讼纠纷也随之增多。以江苏省宿迁市为例，2010年至2013年上半年，全市法院共受理农民专业合作社作为案件当事人的案件75件，涉案标的额约为2879万元，涉及买卖合同纠纷、民间借贷纠纷、合同纠纷、借款合同纠纷等21类。
宿迁市中级人民法院在调研时发现，影响农民专业合作社运营存在以下现实难题：
一是设立数量多，实际运营少。就宿迁地区而言，截至2013年8月，全市在册登记农民专业合作社数量突破9000个，但实际在运营的合作社不到三成。许多合作社处于资不抵债的状态，但没有相关部门介入审查、清算，导致大量农民专业合作社处于瘫痪、休眠状态，没有及时注销。
二是性质为法人，运营不规范。根据法律规定，农民专业合作社属于法人，但由于其内部章程不健全、执行不到位，在实际运行中农民专业合作社往往演变为理事长的“个体户”或少数人的“个人合伙体”，多数社员只挂名、不投资，也不参与实际经营、决策，甚至有的社员不知道自己成为社员。
三是审查不严格，机制不健全。法律没有限定农民专业合作社出资额，工商行政部门对出资不进行实质审查，不进行验资，没有严格准入把关机制，许多合作社从成立起就成为一个空壳。法律规定了社员“退社自由”原则，但配套机制不健全，导致社员退社过于随意。
四是经营能力差，融资难度大。农民专业合作社普遍没配备管理、金融等方面的专业人才，对国家的扶持政策理解不够、利用不足，经营能力较差，经营成效不大。
有效规制农民专业合作社的若干建议：
建立符合实际、科学合理的立法体系。农民专业合作社涉及不同的行业领域，涉及到农业生产、加工、流通等不同环节，有关部门应在工商登记、财务管理、扶持政策、信息传输和科技服务等方面需要制定具体的、可操作的配套法规和统一的管理办法。
完善的法人章程，确保规范运作。在设立章程中明确财务机制、决策机制、利益分配机制等。建立相应的提存机制，确保作为法人的农民专业合作社留有运营资金额，设立法人出资额度。
建立准入机制和退出机制。进一步明确农民专业合作社的设立标准，比如对成员的出资额、合作社的投资额作出规定，防止出现出“人”、出“名”而不出“钱”、不出“物”的现象。对“空壳子”农民专业合作社取消法人资格、取消工商登记。
建立分类规范经营机制。规模小、资金少的农民专业合作社按照《农民专业合作社法》的规定运作起来成本较高，对重大事项的决策宜采用简单的、快捷的方式。对规模较大、投资额较高的农民专业合作社可以参照《农民专业合作社法》的规定，按照每位成员一张投票权的比例进行决策。
建立科学、有效的考核机制。建议取消对农民专业合作社设立数量的考核，转而对农民专业合作社运行的质量进行考核。进一步加大产品精深加工，提升产品档次和质量，增加产品的附加值。增强农民专业合作社的信用等级。
建立金融扶持政策。由于农民专业合作社的社员大多为普通农民，借款成为其常用的融资手段。进入人民法院的涉农民专业合作社的案件大多为借贷纠纷案件，且多数为合作社的理事长作为共同借款人或担保人。建议在政府统筹协调下形成商业金融、合作金融、政策性金融和小额贷款组织互为补充、功能齐全的农村金融体系，缓解农民专业合作社融资难的问题。
建立专门的司法建议工作机制。对于审判工作中发现的农民专业合作社运行中出现的问题，要及时通过司法建议等形式向有关主管部门反映情况、提出对策。